1) Там стоит сервер с Win
2) Многие FTP-клиенты при закачке на сервер переводят регистр твоего файла в регистр уже имеющегося там файла.
3) На сервере установлены соответствующие скрипты.
4) Замена происходит не по имени, а по выбору. То есть, ты явно указываешь файл, который заменяется (например, выделяя его). Все зависит от организации работы на сервере и способа управления сайтом.
5) Кроме того, вполне возможен такой вариант: при добавлении файла, он и не заменяет вовсе файл с другим регистром, а просто добавляет его как новый.

Кстати, если вот так играться с разными регистрами в именах файлов своего сайта, неизбежны проблемы.
И получается иногда, что хорошо работающий на локальном компьютере сайт, перестает функционировать, когда выложишь его в интернете. Ссылки, обычно, начинают глючить, картинки пропадают.
И русские буквы лучше совсем не использовать в именах. Самая большая проблема: обращение к странице не в той кодировке, в которой она хранится на сервере. Например, если файл в кодировке win-1251, а браузер обращается в koi-8r. Ну и тому подобное.
Ну и напоследок - лучше не использовать очень длинные имена файлов. В некоторых осях они сильно ограничены по длине по сравнению с Win. В MacOS, например. Там она что-то около 30 символов (точно не помню).

А нам ведь хочется, чтобы наш сайт могли нормально просматривать не только те, у кого стоят форточки...

Скорее всего, причина именно в этом. Я использую Total Commander в качестве FTP-клиента.

Ну, еще бы я использовал русские буквы На своем компьютере - другое дело. А для сайта - совершенно исключено. Более того, с определенного момента я перестал и пробелы использовать в именах файлов, которые заливаю на сервер. А то с этим %20 тоже возникают нередко проблемы. Да и длину, разумеется, больше 30 символов никогда не сделаю.

А вот то, что в некоторых своих архивах я использовал когда-то и прописные буквы, я пожалел. Больше-то я постараюсь этого не делать, на всякий случай. Но те архивы, которые уже залиты, изменить нельзя: ссылки на них могут быть на других ресурсах интернета, и они перестанут работать. А мне бы этого не хотелось (например, файл программы Know Extension Pro я к сожалению обозвал KnowExt.zip, а надо было knowext.zip).