MoveObject("object1","x1,y1")
Pause("2000")
MoveObject("object2","x2,y2")

то оба объекта будут перемещены одновременно... через 2 сек.
А если написать вот это:

Message("Раз блин!","")
Pause("2000")
Message("Два млин!","")

то мессаги, как и положено, будут показаны с интервалом в 2 сек.

Короче, надо учитывать эти заморочки при использовании команды Pause()
в каждом конкретном случае. К счастью, команда нормально работает в цикле,
что позволяет делать, например, такие вещи:

For i=1 To 100
MoveObject("object1","i,50")
MoveObject("object2","150-i,150")
Pause("1")
Next i