Можно всё. Добавление программы в автозагрузку
s$=' add HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run /v MyProg /t REG_SZ /d ' + PathToMyProg$ + ' /f'
Run("reg", "s$")
Добавление программы в автозагрузку на один раз
s$=' add HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce /v MyProg /t REG_SZ /d ' + PathToMyProg$ + ' /f'
Run("reg", "s$")
...где MyProg - имя секции в реестре (желательно придумать своё, уникальное), а PathToMyProg$ - путь к вашей программе, который нужно сформировать заранее