Если нужно их закрывать при закрытии главного окна программы,
напишите в скрипте кнопки закрытия такой сценарий:

close$='HIDE,WAIT /F /IM proga.exe'
Run("taskkill.exe","close$")

proga.exe здесь - название скомпиленного экзешника.
Дело в том, что при таком запуске новых окон они появляются в процессах
с тем же именем, что и основное окно.