Придётся тогда внедрять в проект ВСЕ файлы, необходимые для инсталляции. Причём, все эти файлы должны находиться в одном каталоге с самим файлом setup.exe. Потому-что внедренные файлы будут распакованы в общий временный каталог, и создавать там каталог не получится. То есть, если имеется файл setup.exe и еще какие-нибудь файлы, например в папке data, то после распаковки запущенный файл setup.exe не найдет необходимых ему файлов для инсталляции, потому-что папки data не будет.
В этом случае придется после запуска проекта создавать каталог и копировать туда внедренные файлы, а уже потом запускать.
Вообще, к данному "методу" организации проекта я отношусь крайне отрицательно. Смотря какого размера будут файлы инсталлятора, проект может вообще не запуститься и подвесить компьютер из-за нехватки памяти.
Если уж ты так хочешь скрыть от глаз юзера файлы инсталлятора, то лучше их переименовать в какую-нибудь байду, со странными именами и невиданными расширениями А после запуска скопировать с диска куда надо, с нужными именами и расширениями.